畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法

罗元宇; 吴鹏; 贺金龙; 陈赞谋; 张豪; 李加琪; 张哲

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畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法

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利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时,SNP标记数大于300可保证100%的推断准确率。标记平均MAF较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面,当使用50 000的SNP标记对1 000条错误率为10%的系谱进行亲子鉴定和推断时,共耗时332.87s,且计算耗时与标记数及个体数呈线性变化。本研究基于孟德尔遗传原理,设计并开发了基于双亲及后代基因型的亲子鉴定及亲本推断程序,该方法运行速度快,操作简单,准确性高,值得在畜禽群体基因组相关研究方面进行推广应用。

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来源
《华中农业大学学报》 |2016年第5期|68-74|共7页
作者
罗元宇; 吴鹏; 贺金龙; 陈赞谋; 张豪; 李加琪; 张哲;
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作者单位

华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组与分子育种重点实验室/国家生猪种业工程中心;

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正文语种 chi
中图分类畜禽遗传、选种、育种;
关键词
亲子鉴定; 亲本推断; SNP标记; 孟德尔错误; 准确率;

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