多粘类芽孢杆菌LY1的全基因组测序及分析

聂俊辉; 王平; 张立新; 王通; 郭建军; 曾静; 袁林

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为全面了解多粘类芽孢杆菌LY1的遗传背景,利用基因组测序技术全面解析LY1菌株的基因组序列,再通过生物信息学的方法比较不同菌株基因间的差异性和相似性,获得LY1菌株的基因组基本特征、基因功能注释及分类、系统发育进化关系等关键信息,从全基因组水平了解其系统发育进化关系。结果表明:多粘类芽孢杆菌LY1 的基因组长度为5 765 474 bp,共有6 086个蛋白质编码基因、162个 tRNA 基因、42个rRNA 基因,GC含量约为45.23%;在GO功能注释中,在生物过程分类下代谢过程和细胞过程中的基因占比最多,分别占比40.77%和38.98%;在细胞组分分类下,分类到细胞和细胞组成中的基因占比最多,为35.18%;在分子功能分类下,分类到催化活性和结合中的基因占比最多,分别为40.34%和35.78%;系统发育进化分析显示,菌株LY1与Paenibacillus polymyxa M1、Paenibacillus polymyxa OSY-DF、Paenibacillus polymyxa SC2、Paenibacillus polymyxa E681等菌株进化距离较近。

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来源
《湖南农业科学》 |2022年第5期|1-6|共6页
作者
聂俊辉; 王平; 张立新; 王通; 郭建军; 曾静; 袁林;
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作者单位

江西省科学院微生物研究所;

上饶市农林水科学研究中心;

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正文语种 chi
中图分类微生物遗传学;
关键词
多粘类芽孢杆菌; 基因组; 测序; 基因功能;

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