基于转录组的洋葱bHLH转录因子家族鉴定与生物信息学分析

陈微; 潘美红; 惠林冲; 李威亚; 郇国磊; 何林玉; 缪美华; 陈振泰; 杨海峰

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基于转录组的洋葱bHLH转录因子家族鉴定与生物信息学分析

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bHLH转录因子家族是真核生物中重要的转录因子家族,在植物生长发育、次生代谢和逆境应答中发挥重要作用。本研究利用转录组数据对洋葱基因家族成员进行筛选和鉴定,并对家族成员进行理化性质、保守基序、亚细胞定位、系统发育和蛋白互作生物信息学分析,同时对bHLH基因家族在洋葱幼苗中的表达情况进行分析。结果表明,从洋葱转录组共鉴定到36个bHLH基因,预测编码蛋白质含有的氨基酸数量为127~610个,且均为亲水性蛋白,系统发育分析表明,洋葱bHLH基因家族分为12个亚族,同一亚族的大多数基因具有相似的保守基序,大多数bHLH基因在洋葱幼苗中表达,不同基因的表达量水平差异较大。本研究结果为进一步研究洋葱bHLH转录因子家族的生物学功能奠定了基础。

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来源
《江苏农业科学》 |2023年第5期|11-18|共8页
作者
陈微; 潘美红; 惠林冲; 李威亚; 郇国磊; 何林玉; 缪美华; 陈振泰; 杨海峰;
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作者单位

江苏省连云港市农业科学院;

江苏省灌南县农业农村局;

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正文语种 chi
中图分类 S633.201;
关键词
洋葱; BHLH; 转录因子; 生物信息学分析;

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