利用Illumina MiSeq测序平台分析沐川乌骨黑鸡空肠微生物多样性

廖娟; 王钢; 喻世刚; 梁梓

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利用Illumina MiSeq测序平台分析沐川乌骨黑鸡空肠微生物多样性

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为探索沐川乌骨鸡肠道微生物多样性,采用Illumina MiSeq测序平台对10羽沐川乌骨鸡的空肠内容物样本中微生物的16S rDNA-V4变异区进行测序,利用UPARSE等软件分析和统计样品中的操作分类单元(OTUs)数量,并进行物种注释及丰度分析,揭示样品的物种构成.结果表明,共获得667466条tags,在97％相似水平上进行OTU分类,被归类于3154个OTUs,且由稀释曲线可知此次测序结果较全面地覆盖了沐川乌骨黑鸡空肠微生物群落.门水平上,占优势的门主要有厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria),但这3种优势菌门在不同样品中所占比例均有所差异.在属水平上,在10个样品中所占比例均大于1％的菌属有乳杆菌属(Lactobacillus)和Romboutsia菌属.

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来源
《江苏农业科学》 |2020年第24期|178-182|共5页
作者
廖娟; 王钢; 喻世刚; 梁梓;
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作者单位

乐山师范学院/川南地方品种鸡产业化四川省高等学校工程研究中心四川乐山614000;

乐山师范学院/川南地方品种鸡产业化四川省高等学校工程研究中心四川乐山614000;

乐山师范学院/川南地方品种鸡产业化四川省高等学校工程研究中心四川乐山614000;

乐山师范学院/川南地方品种鸡产业化四川省高等学校工程研究中心四川乐山614000;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类鸡;农业微生物学;
关键词
沐川乌骨黑鸡; IlluminaMiSeq测序; 空肠; 微生物; 多样性;

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