基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析

陈双双; 齐香玉; 冯景; 王华娣; 邓衍明

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基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析

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绣球花序饱满、花型多样、花色丰富,是重要的观赏植物.很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时,花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色,使其更受消费者喜爱.但绣球基因组信息缺乏,基因资源开发和分子机制研究相对滞后.利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种"Bailer"(商品名:Endless SummerTM,中文名译为无尽夏)的基因组大小.流式细胞术分析结果表明,以豌豆(Pisum sativum L.)为对照的流式细胞术估测"Bailer"基因组大小为2.17 pg(约2.12 Gb);Illumina HiSeq PE测序产生212.41 Gb的有效数据,K-mer分析结果显示,修正后的基因组大小为1.96 Gb;根据K-mer分析,该基因组具有明显的杂合峰,杂合度和重复率分别为1.97％、72.80％.此外,经组装,该基因Contigs总数为7418139(N50为249 bp),总读长为1.49 Gb,Scaffolds总数为7071975(N50为289 bp),总读长为1.52 Gb,GC含量为38.75％.综上所述,推测绣球"Bailer"基因组大小约为1.96～2.12 Gb,属杂合度较高的复杂基因组.结果可为绣球全基因组测序及相关研究提供了理论依据.

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来源
《江苏农业科学》 |2021年第12期|39-44|共6页
作者
陈双双; 齐香玉; 冯景; 王华娣; 邓衍明;
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作者单位

江苏省农业科学院休闲农业研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室江苏南京210014;

江苏省农业科学院休闲农业研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室江苏南京210014;

江苏省农业科学院休闲农业研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室江苏南京210014;

江苏大学生命科学学院江苏镇江212013;

江苏省农业科学院休闲农业研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室江苏南京210014;

江苏大学生命科学学院江苏镇江212013;

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正文语种 chi
中图分类 S685.990.1;
关键词
绣球; 基因组大小; 流式细胞术; K-mer分析; Survey技术;

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