大白菜与结球甘蓝多态性EST-SSRs标记筛选及其EST序列分析

石丽娟; 许愿超; 秦艳梅; 顾爱侠; 赵建军; 申书兴; 王彦华; 王玉海

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大白菜与结球甘蓝多态性EST-SSRs标记筛选及其EST序列分析

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为了实现大白菜遗传背景下结球甘蓝染色体、染色体片段的准确鉴定,探索结球甘蓝遗传物质的添加对大白菜的影响,本研究以不同类型大白菜(Brassica rapa,AA)和结球甘蓝(Brassica oleracea,CC)为材料,对来自结球甘蓝的797个表达序列标签简单序列重复(expressed sequence tag SSR,EST-SSRs)标记进行筛选,获得了269个结球甘蓝相对于大白菜具有多态性的标记.选取其中扩增产物清晰稳定和多态性差异明显的176个EST-SSRs,对其对应的EST序列进行BLAST分析,将EST序列与基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库比对,获得EST序列的注释信息,其中属于细胞组件C有124条,占总数的12.29％,属于分子功能F有184条,占总数的18.24％,属于生物学途径P有688条占总数的68.19％,未知功能N有13条,占总数的1.29％.EST序列参与的生物学过程方面的功能主要集中在细胞过程、代谢过程、生物调节和刺激应答、系统形态构成、信号转导与信号传递系统、免疫系统等方面.结球甘蓝相对于大白菜多态性的EST-SSRs标记的获得,为大白菜-结球甘蓝异附加系、易位系中附加的结球甘蓝染色体及染色体片段的鉴定奠定了基础.本研究建立了EST-SSRs标记靶向基因的功能注释,为进一步推断结球甘蓝遗传物质的添加对大白菜性状的影响提供参考.

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来源
《农业生物技术学报》|2015年第8期|1040-1048|共9页
作者
石丽娟; 许愿超; 秦艳梅; 顾爱侠; 赵建军; 申书兴; 王彦华; 王玉海;
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作者单位

河北农业大学河北省蔬菜种质创新与利用重点实验室,保定071001;

河北农业大学河北省蔬菜种质创新与利用重点实验室,保定071001;

河北农业大学河北省蔬菜种质创新与利用重点实验室,保定071001;

河北农业大学河北省蔬菜种质创新与利用重点实验室,保定071001;

河北农业大学河北省蔬菜种质创新与利用重点实验室,保定071001;

河北农业大学河北省蔬菜种质创新与利用重点实验室,保定071001;

河北农业大学河北省蔬菜种质创新与利用重点实验室,保定071001;

河北省农林科学院经济作物研究所,石家庄050051;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类
关键词
大白菜; 结球甘蓝; EST-SSRs; 多态性标记; GO注释; KEGG分析;
入库时间 2024-01-27 07:08:41

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