杨树NRAMP基因家族全基因组鉴定与生物信息学分析

赵志明; 袁梦婷; 武江昊; 门艳阔; 江敏; 顾丽姣; 王进茂

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杨树NRAMP基因家族全基因组鉴定与生物信息学分析

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为研究杨树自然抗性相关巨噬细胞蛋白(NRAMP)家族成员的结构和功能,利用生物信息学方法,从杨树全基因组数据库中筛选并鉴定NRAMP家族基因序列,并对该家族成员的理化性质、二级结构、基因结构、保守基序、染色体定位、进化树和组织表达量进行分析。结果表明:从杨树基因组中共鉴定出6个NRAMP基因家族成员,编码的氨基酸数量差异较大,为503~1310,亚细胞定位表明其均在质膜上,各个成员跨膜结构数量在10~12。PNT31315的二级结构以无规则卷曲为主,其他家族成员主要的二级结构为α-螺旋。进化树分析表明,杨树NRAMP家族基因全部聚类于第3类,且与玉米、高粱、甘蔗和水稻皆有相似基因,不存在物种特异性。染色体定位分析表明,该家族各基因在染色体上分散分布,只有PNT48459和PNT49289两个基因分布在一个染色体上,且不存在串联重复和片段复制基因。蛋白功能预测结果显示,PNT48459和PNT52668可能与植物金属耐受蛋白结合参与金属离子的吸收与转运,PNT31315可能参与植物激素信号转导。PNT48459、PNT37313和PNT31315在主根中的表达量较高,推测其参与重金属吸收过程。

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来源
《安徽农业科学》 |2023年第14期|90-94|共6页
作者
赵志明; 袁梦婷; 武江昊; 门艳阔; 江敏; 顾丽姣; 王进茂;
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作者单位

河北农业大学林学院/河北省林木种质资源与森林保护重点实验室;

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正文语种 chi
中图分类杨;
关键词
杨树; NRAMP基因家族; 生信分析; 重金属胁迫;

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