烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类

杨硕

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[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征.并且对其进行聚类分析.[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64 种不同三碱基组在S 上出现的概率,得到一个64 维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异.[结果]8个三碱基组(CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG)的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类.[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供理论依据.

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来源
《安徽农业科学》 |2010年第13期|6803-6804|共2页
作者
杨硕;
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作者单位

湖北省襄樊市襄城烟草专卖局;

湖北襄樊;

441000;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类病毒;
关键词
烟草坏死病毒; 三碱基组; 概率; K-M; 聚类;

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