基于绝缘密度HiCID算法的染色质接触域边界检测

黄月月; 丰继华; 刘珂; 范力栋

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基于绝缘密度HiCID算法的染色质接触域边界检测

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摘要

针对现有基于Hi?C数据的接触域边界检测算法进行改进,提出用绝缘密度统计量来表征接触域边界强度变化的绝缘密度算法(Hi?C insulation density,HiCID).HiCID算法将网络增强技术嵌入预处理过程对原始Hi?C数据进行降噪,根据绝缘子结合蛋白(CTCF)与组蛋白修饰的富集丰度确定域边界筛选阈值,同时为不同分辨率Hi?C数据优化选择滑动窗口的大小和数量.实验结果表明,提出的接触域边界检测算法在一致性和准确性上均优于HiCDB算法,具有不依赖于特定物种的可移植性特点,且算法随Hi?C数据分辨率提高表现出更好的性能.

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来源
《生物学杂志》 |2021年第2期|105-111|共7页
作者
黄月月; 丰继华; 刘珂; 范力栋;
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作者单位

云南民族大学电气信息工程学院昆明650504;

云南民族大学电气信息工程学院昆明650504;

云南民族大学电气信息工程学院昆明650504;

云南民族大学电气信息工程学院昆明650504;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类生物信息论;染色体理论（染色体遗传学）;
关键词
染色质接触域; 定向分化; 网络增强; 绝缘密度算法; 绝缘子结合蛋白;

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