增强采样分子动力学模拟在生物分子研究中的进展（英文）

王安辉; 张志超; 李国辉

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增强采样分子动力学模拟在生物分子研究中的进展（英文）

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摘要

分子动力学模拟能够描述蛋白质分子在行使生物学功能过程中涉及的构象变化,已发展成为生物学研究中重要的计算工具.由于生物分子的构象分布存在崎岖的自由能面,在较为复杂的生物体系的模拟中,传统的分子动力学模拟的构象采样能力受到极大限制,模拟的时间尺度与真实的生物学过程之间仍存在差距.增强采样是解决这一问题的有效手段.本文综述了两类增强采样方法即约束型和无约束型增强采样算法的理论基础、最新进展及其在生物分子中的典型应用,同时也简要总结了组合型增强采样算法近些年的发展.

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来源
《化学物理学报》|2019年第3期|277-286|共11页
作者
王安辉; 张志超; 李国辉;
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作者单位

中国科学院大连化学物理研究所,分子反应动力学国家重点实验室,大连116023;

大连理工大学化学学院,精细化工国家重点实验室,大连116024;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类珠算、筹算;
关键词
增强采样; 伞形采样; 副本交换; 多元动力学; 加速分子动力学;
入库时间 2022-08-20 21:40:43

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