求解三倍体个体单体型重建问题的遗传算法

吴璟莉; 王兆灿

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求解三倍体个体单体型重建问题的遗传算法

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针对最少错误更正（the minimum error correction,MEC）模型,对三倍体个体单体型重建问题进行研究,提出一种基于遗传算法的三倍体个体单体型重建算法GTIHR.该算法采用一种新颖的染色体编码方法和一种有效的爬山算子.这种较短的染色体编码方式能够构造较小的解空间,以便于算法快速收敛到较优解.此外,爬山算子通过为染色体编码注入随机信息来避免早熟现象,并充分利用SNP片段中的有效信息来逐步修正染色体编码取值.实验利用鸟枪法测序模拟片段生成器CELSIM生成片段数据.与以往求解算法的比较分析结果显示,GTIHR算法能够获得更高重建率的单体型,具有较强的实用价值.

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来源
《小型微型计算机系统》 |2014年第4期|840-844|共5页
作者
吴璟莉; 王兆灿;
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作者单位

广西师范大学计算机科学与信息工程学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类人工智能理论;
关键词
单核苷酸多态性; 三倍体; 单体型; 最少错误更正; 遗传算法;

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