东紫苏IDI和GPS基因的生物信息学及时空表达差异分析

唐仁华; 耿秀文; 钟宜伶; 普春霞

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东紫苏IDI和GPS基因的生物信息学及时空表达差异分析

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目的：挖掘东紫苏Elsholtzia bodinieri Vaniot转录组数据，克隆获得3条候选基因全长，对其进行生物信息学和时空表达差异分析，为东紫苏挥发油中单萜类化合物生物合成的分子调控机制提供新的思路。方法：基于前期转录组结果，获得3条IDI和GPS基因的开放阅读框（ORF）,运用ProtParam、SignalP 3.0等软件对基因功能做出预测。通过GC-MS检测同质园栽培后18个东紫苏个体在不同发育阶段以及不同部位间的挥发油成分差异，同时利用实时荧光定量PCR法比较3条基因在上述样品中的表达水平及其与挥发油含量的相关性。结果：克隆获得EbIDI、EbGPS、EbGPS.SSU,生物信息学预测均为非分泌型蛋白，分子质量分别为34.25、46.50、32.63 kDa,等电点为5.76、6.11、6.23,且3条基因与同科植物高度同源。东紫苏挥发油中的相对含量分别为单萜55.819%～95.939%,倍半萜0.255%～31.518%。3条基因在7月的表达量最高，EbIDI的表达量显著高于EbGPS和EbGPS.SSU;叶片中的表达量常高于花序，并与单萜含量和倍半萜含量呈极显著负相关。结论：该结果为进一步研究东紫苏挥发油中单萜生物合成的分子调控机制寻找到新的切入点，也为东紫苏优质品种选育提供了重要依据。

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来源
《中药材》 |2021年第9期|2063-2068|共6页
作者
唐仁华; 耿秀文; 钟宜伶; 普春霞;
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作者单位

云南中医药大学中药学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类化学分析与鉴定;
关键词
东紫苏; 挥发油合成; qRT-PCR; 时空表达差异;

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