唾液菌群的直接PCR扩增-高分辨率熔解曲线分析及其法医学应用

杨瑞; 陈炯; 赵贵森

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唾液菌群的直接PCR扩增-高分辨率熔解曲线分析及其法医学应用

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目的建立一种基于直接PCR(direct PCR,dPCR)扩增和高分辨率熔解(high resolution melting,HRM)曲线分析的唾液菌群快速检测技术,评估其法医学应用价值。方法离心收集唾液中的细菌后重悬于Tris-EDTA(TE)缓冲液,直接作为模板用于16S rDNA V4区的扩增和HRM曲线分析,即dPCR-HRM,计算样本HRM图谱相对于参考图谱的判型置信度(genotype confidence percentage,GCP)。以传统的试剂盒(kit)提取模板DNA后再行PCR-HRM(即kPCR-HRM)为参考,验证dPCR-HRM的可行性。用dPCR-HRM法分析梯度稀释模板、群体样本和模拟唾液斑样本,评估其灵敏度、分型能力和检材适应性。结果 dPCR-HRM法可在90 min内得到唾液菌群的HRM图谱,与kPCR-HRM法之间的GCP>95.85%。应用dPCR-HRM法,一般个体0.29 nL的唾液即可测得菌群HRM型。61例唾液样本可分为10种型,8 h之内的唾液斑与新鲜唾液分型相同(GCP>90.83%)。结论 dPCR-HRM技术可用于唾液菌群的快速分型,且具有成本低、操作简单等优点。

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来源
《法医学杂志》 |2022年第6期|709-718|共10页
作者
杨瑞; 陈炯; 赵贵森;
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作者单位

河南科技大学法医学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类法医物证检验学;
关键词
法医遗传学; 高分辨率熔解; 聚合酶链反应; 唾液; 菌群结构;

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