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基于土壤宏基因组分析的法医学个体来源地理位置推断

         
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摘要

目的 初步探讨基于土壤宏基因组分析方法应用于法医学个体来源地理位置推断的可行性.方法 收集黑龙江省、青海省、西藏自治区土壤样本共33例,提取样本中全部细菌总DNA,采用通用引物扩增细菌16S rDNA V3-V4高变区并在MiSeq测序仪上完成高通量测序,对测序数据进行物种组成和样本比较等生物信息学分析,基于分类操作单元(operational taxonomic unit,OTU)结果计算丰富度指数及多样性指数.结果 测序共得到2720149条序列,聚类得到114848个OTU.黑龙江省、青海省、西藏自治区土壤微生物Chao1指数分别为797.45、745.11、535.98,Shannon指数分别为6.46、6.36、6.25,土壤中细菌物种数从多到少及群落多样性从高到低均依次为黑龙江省、青海省、西藏自治区.获得了3省土壤细菌在各分类水平下的结构组成,黑龙江省优势菌属为Chthoniobacteraceae科DA101属和Thermogemmatisporaceae科某一未注释的属;青海省优势菌属为Cytophagaceae科某一未注释的属和Nocardioidaceae科某一未注释的属;西藏自治区优势菌属为Comamonadaceae科某一未注释的属和Verrucomicrobiaceae科Luteolibacter属.主坐标分析结果显示,按照加权UniFrac度量分析,3个主成分代表总变量的56.36％,按照未加权UniFrac度量分析,3个主成分代表总变量的34.81％,同一省样本可分别聚类到一起,不同省来源的土壤微生物种类及含量则有明显差别.结论 基于土壤宏基因组分析方法可以有效区分不同地区土壤样本,未来在法医学个体来源地理位置推断方面具有潜在的应用价值.

著录项

  • 来源
    《法医学杂志》 |2021年第3期|366-371377|共7页
  • 作者

    刘文丽; 程凤; 钱嘉林; 方晨; 刘旭; 范庆炜; 武会娟; 严江伟;

  • 作者单位

    北京市理化分析测试中心 北京 100089;

    山西医科大学法医学院 山西 太原 030001;

    北京市理化分析测试中心 北京 100089;

    北京市理化分析测试中心 北京 100089;

    北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心 北京 100094;

    北京市理化分析测试中心 北京 100089;

    北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心 北京 100094;

    山西医科大学法医学院 山西 太原 030001;

    北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心 北京 100094;

    北京实验动物研究中心 北京 100871;

    山西医科大学法医学院 山西 太原 030001;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 法医物证检验学;
  • 关键词

    法医遗传学; 土壤; 宏基因组分析; 个体来源; 地理位置推断;

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