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溶藻弧菌III型分泌系统vscP基因的克隆与生物信息学分析

         
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根据NCBI上登录的溶藻弧菌（Vibrio alginolyticus）全基因组序列，设计一对克隆溶藻弧菌HY9901株III 型分泌系统“分子尺”蛋白 VscP 全长基因的特异性引物，PCR 扩增获得基因的全长片段。结果显示，vscP （GenBank登录号FR780678）开放阅读框ORF为1206 bp，共编码401个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列预测其分子质量约为44.4 ku，等电点为5.72。Signal 4.1 Server和TMHMM Server 2.0预测结果表明，VscP无信号肽与跨膜结构域。SoftBerry-Psite预测结果显示，VscP含有3个N端糖基化位点，2个cAMP及cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点，5个蛋白激酶C磷酸化位点，9个酪蛋白激酶II磷酸化位点，2个N端豆蔻酰基化位点，1个酰胺化位点和3个微体C末端靶信号位点。运用MEGA6.0构建的VscP系统进化树显示，溶藻弧菌VscP与副溶血弧菌（V. parahaemolyticus）聚为一簇。应用SWISS-MODEL软件构建VscP亚基三维结构模型发现，其与鞭毛FilK蛋白有相似构型。%Primers for PCRcloning were designed according to the whole genome sequence ofVibrio alginolyticus published inGenBank. The type 3 secretion system (T3SS) Yop secretion protein P (VscP) gene ofV. alginolyticusstrain HY9901 was amplified by PCR and cloned into pMD 18-T vector. Sequence analysis reveals thatthe ORF of VscP gene (GenBank Accession: FR780678)is 1 206bpand eneodes a putative protein of401 amino acids.The predicted molecular weight (MW) of VscP was44.4 ku with an estimated pI of 5.72.Using SignalServer 4.1and TMHMM Server 2.0 software, and itwas predieted that theVscP protein did not contain a signal peptide or a transmembranous region.TheVscP protein had threeN-glycosylation sites, two cAMP and cGMP dependent protein kinase phosphorylation site,five protein kinase C phosphorylation sites, nine casein kinase II phosphorylation sites, two N-myristoylation sites,one amidation site and three loci microbody C-terminal targeting signal predieted by SoftBerry-Psite software. Thisprotein shows high genetic relationship withVibrio parahaemolyticus via a molecular phylogenetic tree constructed by MEGA6.0software. A model of VscP subunitsapplication of SWISS-MODELwork-space is built andits three-dimensional structureis found to havesimilar configurationwithflagellar hook-length control protein FliK.

著录项

  • 来源
    《广东海洋大学学报》 |2016年第4期|30-36|共7页
  • 作者

    李静; 庞欢瑛; 简纪常; 鲁义善; 汤菊芬; 吴灶和;

  • 作者单位

    广东海洋大学水产学院;

    广东湛江524088;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室;

    广东 湛江 524088;

    广东海洋大学水产学院;

    广东湛江524088;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室;

    广东 湛江 524088;

    广东海洋大学水产学院;

    广东湛江524088;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室;

    广东 湛江 524088;

    广东海洋大学水产学院;

    广东湛江524088;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室;

    广东 湛江 524088;

    广东海洋大学水产学院;

    广东湛江524088;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室;

    广东 湛江 524088;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东省教育厅水产经济动物病害控制重点实验室;

    广东 湛江 524088;

    仲恺农业工程学院;

    广东 广州 510225;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 基因工程（遗传工程）;
  • 关键词

    溶藻弧菌; III型分泌系统; 基因克隆; 生物信息学分析; vscP;

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