不同生长速率花鲈肌肉转录组分析及生长相关基因筛选

范嗣刚; 杨文燕; 黄皓; 王鹏飞; 赵超; 闫路路; 张博; 邱丽华

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【目的】筛选与花鲈肌肉生长相关的基因和信号通路,为揭示花鲈肌肉生长发育的遗传机制提供理论依据。【方法】分别取4尾生长快速[体长(34.22±2.53)cm]和4尾生长慢速[体长(17.46±1.78)cm]的花鲈个体肌肉进行转录组测序。用DESeq2 R软件包筛选差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行GO富集和KEGG富集分析。通过实时荧光定量PCR验证转录组数据的准确性。【结果与结论】测序原始数据经过质量控制和组装共得到137960个unigenes,其中68334个unigenes在Nr中注释成功。获得10552个DEGs,其中2064个DEGs表达量上调,8488个DEGs表达量下调,鉴定出胰岛素样生长因子结合蛋白1基因(IGFBP1)、纤维细胞生长因子基因(FGF)、肌肉生长抑制素基因(MSTN)、生长激素受体1基因(GHR1)等与肌肉生长发育相关的基因。DEGs的GO富集结果显示,与物质和能量代谢相关的条目差异显著。KEGG富集结果显示,糖酵解/合成、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)、脂肪酸降解、精氨酸和脯氨酸代谢等信号通路与肌肉生长密切相关。

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来源
《广东海洋大学学报》 |2022年第5期|9-17|共9页
作者
范嗣刚; 杨文燕; 黄皓; 王鹏飞; 赵超; 闫路路; 张博; 邱丽华;
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作者单位

中国水产科学研究院南海水产研究所/广东省渔业生态环境重点实验室;

广东省农业技术推广中心;

上海海洋大学水产与生命学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类水产动物学;工具酶;
关键词
花鲈; 转录组; 差异表达基因; GO富集; KEGG富集;

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