全基因组关联分析阈值的快速算法

野金花; 方铭; 徐艳; 高德宝; 周晓晶; 张巧生; 张莹

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全基因组关联分析阈值的快速算法

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逐个SNP的全基因组关联分析中的统计量不仅依赖于遗传效应,而且依赖于SNP,因此统计量不能直接应用于推断无遗传效应的零假设中.检测不同样本的QTN,常用的统计量除了卡方统计量,还有t统计量、F统计量和标准正态统计量.首先给出了各个统计量之间的关系,接下来针对冗余参数背景下的全基因组关联分析,提出了检验统计量阈值的快速计算方法.再次利用获得的高通量SNP的统计概率构建卡方统计量,进而估计临界值.最后模拟不同样本的阈值并与文献上提出的阈值算法比较.大量模拟实验证明,提出的方法快速而且有效.

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来源
《黑龙江八一农垦大学学报》 |2019年第3期|125-130|共6页
作者
野金花; 方铭; 徐艳; 高德宝; 周晓晶; 张巧生; 张莹;
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作者单位

黑龙江八一农垦大学理学院;

大庆 163319;

集美大学水产学院;

黑龙江八一农垦大学理学院;

大庆 163319;

黑龙江八一农垦大学理学院;

大庆 163319;

黑龙江八一农垦大学理学院;

大庆 163319;

黑龙江八一农垦大学理学院;

大庆 163319;

黑龙江八一农垦大学动物科学技术学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类 Q38;
关键词
统计量; 阈值; 全基因组关联分析; 模拟;

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