奶牛黏膜病的BVDV HJ-1株全基因组序列分析

邵红; 张林雁; 夏立勇; 佟海山; 李旭阳; 周玉龙; 张旭

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BVDV HJ-1分离株属于1b基因亚型是引起奶牛发生黏膜病和出血综合症病原,导致高病死率.为了解BVDV HJ-1株的遗传学特征,研究应用PCR方法分13段扩增其全基因组序列,通过克隆测序最终组装出全序列.应用生物信息学软件对BVDV HJ-1基因序列同源性、跨膜结构域、糖基化位点、5'UTR一级结构与二级结构的差异等进行分析.结果测得该毒株全序列为12282 nt,与参考毒株相比存在高度变异,序列同源性在70.1％～93.5％,尤其是非结构蛋白NS4A、NS4B和NS5A同源性在49.0％～93.0％.E1-E2存在5个潜在的跨膜信号区,结构蛋白上富含14个潜在的糖基化位点,5'UTR I区和Ⅲb-Ⅲe区相对保守,不同毒株之间II区的二级结构变异大.总之,BVDV HJ-1株全基因组序列信息丰富了我国BVDV的遗传学数据资源,为下一步疫苗的研制和致病机理的研究奠定了基础.

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来源
《黑龙江八一农垦大学学报》 |2021年第4期|21-28|共8页
作者
邵红; 张林雁; 夏立勇; 佟海山; 李旭阳; 周玉龙; 张旭;
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作者单位

黑龙江八一农垦大学动物科技学院大庆 163319;

黑龙江八一农垦大学人文学院;

黑龙江省东宁市畜牧兽医服务总站;

杜尔伯特蒙古族自治县畜牧技术服务中心;

黑龙江八一农垦大学动物科技学院大庆 163319;

黑龙江八一农垦大学动物科技学院大庆 163319;

黑龙江八一农垦大学动物科技学院大庆 163319;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类猪;
关键词
黏膜病; 牛病毒性腹泻病毒; 全序列; 生物信息;

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