甜瓜SnRK2基因家族的鉴定与特征分析

刘成功; 李壑; 韩子超; 苏婷婷; 张月洋; 张尧; 李忠晴; 王爱英; 祝建波

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蔗糖非发酵型蛋白激酶2(Sucrose non-fermenting-1-related protein kinase2,SnRK2)是一类具有丝氨酸/苏氨酸特定结构域的蛋白质磷酸化酶,在ABA信号介导和非生物胁迫应答方面起到重要作用。以甜瓜为研究对象,使用生物信息学分析方法,对甜瓜SnRK2基因家族进行鉴定及相关特征分析,包括构建系统发育进化树,以及基因理化性质、基因结构及保守结构域、染色体定位、共线性分析、基因的上游顺式作用元件及转录组数据热图分析等,为甜瓜SnRK2基因的功能分析和研究奠定一定的理论基础。结果表明,在甜瓜基因组中共鉴定出9个SnRK2基因家族成员。主要定位在细胞骨架中,以α-螺旋和不规则卷曲为主,分子质量为31.49~75.02 ku,等电点为4.42~6.21。其可分为3个亚族,分布在4条染色体上。启动子分析结果显示,在甜瓜SnRK2基因的调控序列中有多个植物激素和逆境胁迫相关响应元件。组织表达分析结果表明,有些甜瓜SnRK2基因在不同组织中呈组成型表达,有些基因则具有显著的组织特异性。

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来源
《河南农业科学》 |2022年第5期|108-116|共9页
作者
刘成功; 李壑; 韩子超; 苏婷婷; 张月洋; 张尧; 李忠晴; 王爱英; 祝建波;
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作者单位

石河子大学生命科学学院农业生物技术重点实验室;

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正文语种 chi
中图分类甜瓜;
关键词
甜瓜; SnRK2基因家族; 鉴定; 系统进化分析; 生物信息学;

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