用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察

王攀; 何光源; 杨广笑

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用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察

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为了克服Jmol等传统工具在序列信息参照方式方面存在的缺陷,提出并实现了一种利用序列文本动态参照协助生物分子3D结构观察的方法.该方法利用Javascript,Frame,DIV,CSS,PHP和MySQL等Web相关技术,在Jmol基础上进行功能拓展.首先,分子序列文本与3D结构同时显示,且随着各种针对局部片段的操作同步发生变化.通过对序列文本特定编排以方便对局部片段的查看和定位,且利用下划线、删除线、上划线等多种文本样式及其配色来直观地表示多种局部操作结果状态.此外,还提供了多个序列片段的集中显示、历史操作状态的切换、当前状态的服务器保存等辅助功能.该方法在实际应用中取得了较好效果,有助于提升生物分子序列和结构相关生物信息的整合、模拟和可视化水平.

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来源
《华中科技大学学报：自然科学版》 |2017年第4期|128-132|共5页
作者
王攀; 何光源; 杨广笑;
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作者单位

华中科技大学生命科学与技术学院;

湖北武汉430074;

华中科技大学教育部分子生物物理重点实验室;

湖北武汉430074;

华中科技大学科技部基因工程国际合作基地;

湖北武汉430074;

中南民族大学电子信息工程学院;

湖北武汉430074;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类信息处理（信息加工）;
关键词
生物分子; 3D可视化; 序列文本; Web; Jmol;

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