基于GEO数据的病毒相关性肝癌潜在生物基因标志物的筛选及生物信息学分析

吴良银; 李文丽; 刘俊

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基于GEO数据的病毒相关性肝癌潜在生物基因标志物的筛选及生物信息学分析

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摘要

目的利用生物信息学分析方法,探索在肝细胞癌预后评估中扮演重要角色的潜在生物标志物.方法从基因表达综合数据库(gene expression omnibus database,GEO)中收集2019年1月1日～2021年1月1日三个病毒相关性肝细胞癌的转录数据集,共含有52个肝细胞癌肿瘤组织和33个肝细胞癌旁组织(对照组),通过GEO2R进行差异基因的鉴定.利用韦恩图绘制三个数据集的共同差异基因,使用DAVID数据库对共同差异基因进行基因功能富集分析,包括基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,根据蛋白之间的连接度,筛选和鉴定出关键基因.基于Kaplan-Meier方法及cBioPortal在线工具,分析关键基因表达与生存预后的相关性.结果基于三个芯片数据集,共筛选出423个共同差异表达的基因,这些基因主要富集到细胞分裂以及氧化还原等细胞生物学过程;蛋白互作网络共聚焦到20个关键基因,其中BUB1,BUB1B,CDC20,NCAPG,TPX2和UBE2C的表达改变与不良临床结局之间存在显著的相关性.结论 BUB1,BUB1B,CDC20,NCAPG,TPX2和UBE2C在病毒相关性肝细胞癌中异常高表达并且与临床预后相关,可作为病毒相关性肝细胞癌的潜在生物标志物及治疗靶点.

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来源
《现代检验医学杂志》 |2021年第6期|106-110|共5页
作者
吴良银; 李文丽; 刘俊;
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作者单位

粤北人民医院检验科广东韶关 512025;

粤北人民医院生殖医学中心广东韶关 512025;

粤北人民医院生殖医学中心广东韶关 512025;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类肝肿瘤;实验室诊断;
关键词
肝细胞癌; 生物信息学; 生物标志物;

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