不同种源蒙古栎遗传变异

李波; 张伟溪; 丁密; 余金金; 丁昌俊; 黄秦军

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不同种源蒙古栎遗传变异

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分析蒙古栎EST序列和叶绿体全基因组SSR位点信息,开发SSR引物,对蒙古栎群体遗传变异进行分析,为蒙古栎分子标记辅助育种奠定基础。利用est-trimmer、CAP3对蒙古栎EST序列处理,通过perl结合MISA、Primer3和Electronic PCR查找SSR位点,设计引物并筛选验证。EST序列中发现SSR位点163个,主要重复类型为二核苷酸。叶绿体基因组上88个SSR位点以单核苷酸重复为主。7对引物共检测到37对等位基因,平均等位基因数(N_(a))=5.286,Shannon’s信息指数(I)=1.291,期望杂合度(H_(e))=0.622,多态性信息含量(P_(IC))=0.692;群体间遗传分化系数(F_(st))=0.147,基因流(N_(m))=1.933;AMOVA分析表明,种源间遗传变异占10.216%。蒙古栎种源群体间存在中等水平的遗传分化,其遗传变异主要来源于种源内,且种源间的遗传变异与地理距离无显著相关性。基于EST序列及叶绿体基因组SSR位点信息,有效开发SSR引物,为蒙古栎遗传多样性研究提供更多的标记支持。

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来源
《东北林业大学学报》 |2022年第4期|8-14|共8页
作者
李波; 张伟溪; 丁密; 余金金; 丁昌俊; 黄秦军;
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作者单位

国家林业和草原局林木培育重点实验室(中国林业科学研究院林业研究所);

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正文语种 chi
中图分类良种繁育;
关键词
蒙古栎; EST-SSR; 遗传多样性;

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