汉麻GATA转录因子基因家族鉴定及生物信息学分析

李文敏; 吴稳; 刘聪颖; 任忠敏; 邵佳鑫; 李美慧; 李珊珊

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GATA转录因子广泛存在于植物中,如拟南芥、水稻、菠菜等.该家族成员在植物生长发育和细胞分化中发挥重要的作用.汉麻(Cannabis Sativa L.)作为一种经济作物,具有广泛的用途.但是,目前尚无汉麻GATA转录因子的报道.参考拟南芥GATA转录因子家族基因,采用NCBI,MEME,TBtools等软件,使用汉麻全基因组数据,通过对CsGATAs转录因子家族基因成员的分析,预测其理化性质、基序分析、系统发育树构建和蛋白质预测分析.结果表明,汉麻含有21个GATA转录因子,命名为CsGATA1~CsGATA21,分布在6条不同的染色体上;motif 1,motif 2,motif 3是CsGATAs家族中较为保守的基序;21个CsGATAs蛋白均具有亲水性,亚细胞定位主要分布于细胞核中;二级结构以无规则卷曲为主,系统进化分析表明,CsGATA转录因子家族基因可以被划分为3个亚组.研究结果为进一步开展汉麻生长发育相关转录因子功能的研究提供了依据.

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来源
《高师理科学刊》 |2023年第10期|72-78|共7页
作者
李文敏; 吴稳; 刘聪颖; 任忠敏; 邵佳鑫; 李美慧; 李珊珊;
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作者单位

齐齐哈尔大学生命科学与农林学院;

齐齐哈尔大学寒区麻及制品教育部工程研究中心;

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正文语种 chi
中图分类分子遗传学;
关键词
汉麻; GATA转录因子; 生物信息学分析;

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