小麦组蛋白TaHis3.2的克隆及盐胁迫下的表达分析

吴丹萌; 梁丹; 刘丹; 张欣; 胡子全; 王志强; 梁晨; 刘一晓; 潘萍萍; 王从磊; 袁卉馥; 王建贺

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为了研究组蛋白编码基因的表达是否受到渗透胁迫的诱导及探讨利用组蛋白编码基因开发分子标记,辅助耐盐育种的可能,以小麦(Triticum aestivum L.)为研究对象,通过NaCl渗透胁迫,从根叶组织的RNA-seq挖掘到一个表达受到盐胁迫影响的组蛋白编码基因His3.2出发,利用同源克隆法从小麦中获得His3.2基因,通过生物信息学方法分析其蛋白序列特征,使用HMMER软件、PF00125结构域进行全家族调取,并利用FPKM算法分析其组织表达特异性以及盐胁迫响应模式。结果表明,共得到2种TaHis3.2序列,开放阅读框长411 bp,存在8个SNP,编码同一种氨基酸;氨基酸结构域预测发现,TaHis3.2包含Histon保守结构域PF00125;小麦中该家族共398个成员,在各个染色体上均有分布,且主要分布在染色体的两端。表达分析显示,TaHis3.2主要在根部表达,盐胁迫抑制该基因的表达。自然群体序列分析发现,在D基因组该基因高度保守,未发现品种间存在序列差异。

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来源
《山西农业科学》 |2022年第8期|1197-1203|共7页
作者
吴丹萌; 梁丹; 刘丹; 张欣; 胡子全; 王志强; 梁晨; 刘一晓; 潘萍萍; 王从磊; 袁卉馥; 王建贺;
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作者单位

河北北方学院;

天津市农业科学院农作物研究所/天津市农作物遗传育种重点实验室;

界首市农业技术推广中心;

天津市宝坻区农业发展服务中心;

天津市农业发展服务中心;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类小麦;
关键词
小麦; 盐胁迫; 组蛋白; 基因表达; 生物信息学方法;

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