基于RNA-seq的甲氨蝶呤处理sv129胚胎干细胞的转录组学分析

王芳; 包怡华; 李建婷; 谢秋; 张霆

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基于RNA-seq的甲氨蝶呤处理sv129胚胎干细胞的转录组学分析

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目的利用转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术探讨抗叶酸代谢药物甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)处理的小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells,mESC)基因转录表达的变化,并探讨其可能影响的生物学过程和关键信号通路。方法将mESC分为两组,其中对照组采用完全培养基培养,MTX组在此基础上加入0.12μmol/L MTX药物处理。MTX处理24 h分别收集细胞,提取总RNA进行RNA-seq,获得胚胎早期全基因转录组图谱并采用Deseq2软件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),采用生物信息学R软件包对MTX组与对照组进行差异基因的功能及通路分析。结果MTX组与对照组的转录组相比,共有365个DEGs,其中144个显著上调表达,221个显著下调。GO(Gene Ontology)功能富集分析显示,生物学过程(biological process,BP)分类集中在肌肉系统发育、肌肉收缩、肌纤维发育等肌肉系统发育过程,细胞组分(cellular component,CC)分类集中在细胞膜组分、肌原纤维、收缩纤维、肌丝、肌节等肌肉组分,分子功能(molecular function,MF)分类集中在跨膜转运蛋白结合活性及膜通道活性。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物功能分析显示DEGs显著性富集的通路在钙信号通路、紧密连接。结论抗叶酸代谢药物甲氨蝶呤能够引起mESC基因组的转录改变,DEGs功能主要与肌肉发育以及肌肉纤维发育相关,同时DEGs富集的关键信号通路主要有肌肉发育相关的膜通道的钙离子信号通路和紧密连接。

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来源
《山西医科大学学报》 |2023年第6期|808-813|共6页
作者
王芳; 包怡华; 李建婷; 谢秋; 张霆;
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作者单位

首都儿科研究所;

山西医科大学生物化学与分子生物学教研室;

中国医学科学院北京协和医院中心实验室;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类物质代谢和营养障碍;
关键词
转录组测序; 甲氨蝶呤; 差异表达基因; 叶酸; 胚胎干细胞;

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