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基于基因表达数据库筛选膀胱癌中差异表达的环状RNA

         

摘要

cqvip:目的 探讨膀胱癌中差异表达的环状RNA(circRNA)及其相互作用网络。方法 下载基因表达数据库(GEO)中的膀胱癌circRNA表达谱数据集GSE92675的数据,利用生物信息学方法分析差异表达的circRNA以及互作微小RNA(microRNA, miRNA)网络。利用FunRich软件预测互作miRNA的靶基因,并作基因本体论(GO)生物学通路富集分析。结果 从芯片数据中筛选出3 423个差异表达的circRNA,在表达差异3倍以上的153个circRNA中,114个表达上调,39个表达下调。对其中表达上调的环状RNA,circRNA-SOGA1,的互作miRNA预测结果提示,与circRNA-SOGA1相互作用的miRNA有103个,这些miRNA的预测靶基因的GO富集分析结果显示这些miRNA的靶基因主要参与蛋白多糖介导的信号通路、ErbB受体信号通路、VEGF和VEGFR信号通路等多条信号通路。结论 本研究构建了膀胱癌相关circRNA的互作网络,为揭示膀胱癌发生发展的分子机制提供一定的理论基础。

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