2株SARS相关冠状病毒主要结构蛋白基因的多态性分析

齐艳; 包其郁; 田薇; 徐建成

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2株SARS相关冠状病毒主要结构蛋白基因的多态性分析

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目的:分析2株SARS相关冠状病毒(Severeacuterespiratorysyndrome-associatedcoronavirus,SARS-CoV)HK21378和BJ104的主要结构蛋白基因序列的多态性以及蛋白质结构变化与功能的关系。方法:提取组织培养物中的SARS-CoV基因组RNA,对RT-PCR产物进行测序;以GZ02为参照序列,对蛋白质编码序列进行基因多态性分析和蛋白质结构与功能关系分析。结果:①与SARS-CoVGZ02株相比较,HK21378和BJ104主要结构蛋白编码序列共有14个变异位点,其中9个变异位点为两者共有3,个变异位点见于HK21378,2个变异位点见于BJ104;与GenBank数据库已发表的103株SARS-CoV基因组数据比较,变异位点22901(T→G)为BJ104特有,未见于已发表的其他SARS-CoV基因组中;在14个多态位点中,有5个多态位点为同义突变,其余9个为非同义突变。②14个变异位点中有11个变异发生在S蛋白编码区,其碱基变异频率为3.7/kb;2个见于M蛋白编码区,其碱基变异频率为3.0/kb;1个见于N蛋白编码区,碱基变异频率为0.8/kb;而E蛋白编码区未见变异位点。结论:SARS-CoV的主要结构蛋白编码区容易发生变异,尤其是膜表面S蛋白和M蛋白编码区。

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来源
《温州医科大学学报》 |2006年第2期|125-127|共4页
作者
齐艳; 包其郁; 田薇; 徐建成;
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作者单位

温州医学院生物医学信息研究所;

杭州华大基因研发中心;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类呼吸道传染性病毒;
关键词
SARS相关冠状病毒; 结构蛋白基因; 多态性;

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