【目的】为揭示基于SNP的基因组近交系数(F_(SNP))衡量群体遗传多样性的准确性。【方法】在假设遗传长度为100 c M的1对常染色体上存在1 000个均匀分布的SNP标记基础上,模拟了1个闭锁群体连续繁育50个世代的情形,以基于系谱的近交系数(F_(ped))为对照,以F_(SNP)、F_(ped)与基因组观察纯合度(HOMobs)的相关系数rSNP、rped为遗传多样性衡量准确性的指标,分析群体规模、公畜比例、计算F_(SNP)的SNP数量(N_(SNP))和SNP等位基因初始频率(p)对F_(SNP)衡量遗传多样性准确性的影响。【结果】与F_(ped)相比,F_(SNP)衡量群体遗传多样性的准确性总体上更高,受群体规模和性别比例的影响小,且不会随世代的递增而下降;用于计算F_(SNP)的SNP数量越多、SNP等位基因初始频率越接近0.5,F_(SNP)衡量群体遗传多样性的准确性越高。【结论】在实际中,当用于计算F_(SNP)的SNP数量占全基因组SNP的20%以上(本试验为N_(SNP)≥200)且覆盖所有染色体时,即可保证r_(SNP)始终高于r_(ped),有效开展群体遗传多样性的适时动态监测;将各SNP等位基因初始频率控制在中等水平,有助于提高遗传多样性监测准确性和保持群体遗传变异。
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