高通量互作蛋白组图谱研究揭示U6 snRNA在肿瘤细胞中多维度调控mRNA加工成熟过程

杨芝芝; 杨兵; 田彬; 廖建友

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目的采用ChIRP技术纯化肿瘤细胞中内源U6 snRNA(简称U6)互作蛋白,结合高灵敏度液相色谱-质谱联用技术对所获得的互作蛋白组进行鉴定,系统揭示U6参与肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法合成含生物素标记的U6特异性探针,利用分子杂交技术特异捕获经甲醛交联的内源U6与互作蛋白形成的复合物,并结合高灵敏度质谱分析技术鉴定出U6互作蛋白组。利用生物信息分析手段分析U6在肿瘤细胞中的功能。结果通过严格的筛选本研究最终鉴定到135个特异的内源U6互作蛋白。GO、KEGG、蛋白复合体富集分析和PPI分析显示U6除了与mRNA前体剪接加工等相关蛋白发生相互作用外,还参与了mRNA从产生到转录后调控等一系列生物学过程,包括参与mRNA转录调控、囊泡运输、成熟mRNA的出核转运、mRNA降解、RNA定位、转录后调控等过程。结论我们的研究在国际上首次系统揭示了肿瘤细胞U6的相互作用蛋白组图谱,通过对该图谱的分析表明U6多维度地参与了mRNA生物学发生的全过程调控,为U6参与肿瘤发生发展的功能和机制研究提供了全新的方向和思路。

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来源
《岭南现代临床外科》 |2022年第1期|42-50|共9页
作者
杨芝芝; 杨兵; 田彬; 廖建友;
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作者单位

中山大学孙逸仙纪念医院医研中心;

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正文语种 chi
中图分类肿瘤学实验研究;
关键词
肿瘤; ChIRP-MS; U6 snRNA; 剪接;

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