基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析

刘奕; 陈伟兴; 周丹; 陈晓婷; 王美玉; 王桂兴; 刘海金

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基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析

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本研究对公共数据库中的15 268条牙鲆EST序列进行处理和分析.在917条EST序列中查找到SSR,出现频率为12.6％,分布密度为1/5.7 kb.优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸重复,占63.5％和24.3％,并且分别以(AC)n重复(63.9％)和(AGC)n重复(15％)最多.基序重复次数以6次为最多,占24.0％.运用所得到的EST-SSR序列设计484对引物,经牙鲆群体验证,共获得了357对有效引物,占总引物数73.8％.研究结果为牙鲆及亲缘关系较近物种的EST-SSR标记的开发提供基础,同时也为后续遗传研究提供有效的分子标记.

著录项

来源
《海洋渔业》 |2013年第2期|137-142|共6页
作者
刘奕; 陈伟兴; 周丹; 陈晓婷; 王美玉; 王桂兴; 刘海金;
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作者单位

东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;

中国水产科学研究院北戴河中心实验站,秦皇岛066100;

东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;

东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;

东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;

东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨150030;

中国水产科学研究院北戴河中心实验站,秦皇岛066100;

中国水产科学研究院,北京100141;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类水产动物饵料及其营养;
关键词
牙鲆; 表达序列标签; EST-SSR; 引物;

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