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16S与gyrB基因联合建树快速鉴定海水中的一株地衣芽胞杆菌

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摘要

在保守序列高度相似的细菌鉴定中,单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种,需要增加测序基因数并对多基因进行分析.为实现快速鉴定,课题组对16S与gyrB基因联合建树的方法进行了研究,将海洋来源的一株杆菌,分别用通用引物扩增16S和gyrB基因并测序,在GeneBank进行序列比对后,选择各菌种保藏中心16S和gyrB基因均相似的菌株,取16S和gyrB基因序列,采用Paup* 4.0构建进化树.使用16S与gyrB拼接序列构建的进化树中属于同一种的菌株均很好的聚合在一枝,种间分枝自展值均高于98,分类结构准确,筛选得到的杆菌与地衣芽胞杆菌(Bacillus licheniformis)聚合在一枝,自展值为100,鉴定为地衣芽胞杆菌.经生理生化试验验证,该菌株与地衣芽胞杆菌特征完全一致,使用16S和gyrB基因联合建树得到的鉴定结果准确且快速简便.

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来源
《海洋科学》 |2020年第4期|90-95|共6页
作者
傅奇; 林俊杰; 甘美裕; 卢源钦; 肖玉娟;
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作者单位

厦门华厦学院环境与公共健康学院福建厦门361024;

厦门华厦学院环境与公共健康学院福建厦门361024;

厦门华厦学院环境与公共健康学院福建厦门361024;

厦门华厦学院环境与公共健康学院福建厦门361024;

厦门华厦学院环境与公共健康学院福建厦门361024;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类微生物分类学（系统微生物学）;
关键词
16S; gyrB; 进化树; 地衣芽胞杆菌(Bacillus licheniformis);

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