长链非编码RNA-Keratin 8的调控通路分析

袁晓霞; 蒋振

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长链非编码RNA-Keratin 8的调控通路分析

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目的运用生物信息学分析方法,分析长链非编码RNA-细胞角蛋白8(KRT8)在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述lncRNA-KRT8在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-KRT8有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA,将结果取交集;在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因,并进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果在miRDB数据库预测到15个miRNAs与lncRNA-KRT8相作用,Starbase3.0数据库预测到60个miRNAs与之相作用,取2个数据库的交集共获得2个miRNAs;GO功能注释显示lncRNA-KRT8通过hsa-miR-150-5p作用的靶基因主要调控蛋白结合、RNA结合、金属离子结合信号通路、转录调控作用及蛋白质的磷酸化过程;通过hsa-miR-512-3p作用的靶基因主要调控蛋白结合、DNA结合、金属离子的结合信号通路、蛋白质的泛素化降解过程;通过hsa-miR-150-5p主要调控ErbB信号通路、肿瘤中糖蛋白信号通路、miRNAs、胃癌信号通路等;通过hsa-miR-512-3p作用的信号通路主要是乙型肝炎、人T细胞白血病病毒、前列腺癌、胰岛素抵抗和MAPK信号通路等。结论长链非编码RNA-KRT8在细胞内的调控作用具体与蛋白质的结合和金属离子结合及糖蛋白、脂代谢信号通路密切相关,其可通过上述作用通路调控疾病的病理进展。

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来源
《医学信息》 |2022年第19期|6-10|共5页
作者
袁晓霞; 蒋振;
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作者单位

川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类基因理论;生物信息论;
关键词
lncRNA-KRT8; 肿瘤; 靶基因; 信号通路;

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