长链非编码RNA-MAL2的靶基因预测及信号通路富集分析

罗瑶敏; 蒋振

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长链非编码RNA-MAL2的靶基因预测及信号通路富集分析

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目的运用生物信息学分析方法,分析长链非编码RNA-MAL2(lncRNA-MAL2)在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述lncRNA-MAL2在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-MAL2有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA,将结果取交集;在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因,并进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果在miRDB数据库预测到95个miRNAs与lncRNA-MAL2相作用,Starbase3.0数据库预测到167个miRNAs与之相作用,取2个数据库的交集共获得5个miRNAs;GO功能注释显示其靶基因主要分布在镁离子结合、酶结合、蛋白激酶、蛋白泛素化等方面;生物学过程主要分布在细胞迁移、抑制细胞增殖、凋亡、蛋白转运和细胞周期等功能方面;信号通路富集主要分布在ErbB信号通路、生长激素合成、TNF信号通路、TGF-beta信号通路及雌激素信号通路等方面。结论lncRNA-MAL2在细胞内的重要调控作用具体与酶结合、蛋白激酶、蛋白泛素化、细胞迁移、抑制细胞增殖、凋亡、蛋白转运和细胞周期等多条信号通路密切相关。

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来源
《医学信息》 |2022年第19期|11-14|共4页
作者
罗瑶敏; 蒋振;
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作者单位

川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室;

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正文语种 chi
中图分类基因理论;生物信息论;
关键词
lncRNA-MAL2; 调控靶基因; 细胞迁移; 蛋白泛素化;

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