hsa-miR-221-3p靶基因预测及生物信息学分析

李艳丽; 谭仕廉; 申元英; 郭乐

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hsa-miR-221-3p靶基因预测及生物信息学分析

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目的对hsa-miR-221-3p进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-221-3p的靶基因、基因功能及信号通路。方法利用UCSC和miRBase在线数据库对hsa-miR-221-3p进行基因定位、分析其序列保守性,然后利用miGator v3.0数据库分析hsa-miR-221-3p在人类不同疾病和组织器官中的表达情况,利用Target Scan、miRTarBase和miRDB数据库交叉预测hsa-miR-221-3p的靶基因,使用在线软件Venny2.1对上述3个数据集绘制维恩图推导得到交集靶基因,再将预测的靶基因利用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号转导通路富集分析,采用String11.0数据库构建交集靶基因编码的蛋白间相互作用(PPI)网络图,进行编码蛋白间相互作用分析。结果hsa-miR-221-3p基因成熟序列高度保守,在肺部组织中富集表达;hsa-miR-221-3p的34种关键靶基因存在细胞多个组分中,执行多种分子功能,参与多种生物过程;这些靶基因富集于癌症和PI3K-Akt信号通路,编码的蛋白间形成了复杂的网络图。结论hsa-miR-221-3p在多种肿瘤组织和细胞中异常表达,通过靶基因对多种癌症发挥致癌或抑癌作用,以致癌作用为主,其可作为肿瘤潜在的研究标记物和治疗靶标。

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来源
《医学信息》 |2022年第7期|59-65|共7页
作者
李艳丽; 谭仕廉; 申元英; 郭乐;
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作者单位

大理大学基础医学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类卫生生物学;
关键词
has-miR-221-3p; 靶基因; 信号通路; 基因功能;

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