沼泽红假单胞菌Rhodopseudomonas palustris2-8的亚硝酸盐还原酶基因克隆和序列分析

陈燕红; 程萍; 喻国辉; 潘丽晶

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沼泽红假单胞菌2-8具有亚硝酸盐还原能力,根据不同类型亚硝酸盐还原酶保守序列设计引物,通过PCR扩增的方法对2-8菌株的亚硝酸盐还原酶类型进行鉴定,发现该菌株的亚硝酸盐还原酶为Cu型亚硝酸盐还原酶。从2-8菌株基因组中克隆出编码该Cu型亚硝酸盐还原酶的基因(nirK),该基因由1 154个碱基对组成,在GenBank数据库的登录号为GU332847,与沼泽红假单胞菌Rhodopseudomonas palustris TIE和CGA009的nirK序列相似性为90%。互联网数据库及生物信息学分析工具分析显示,该基因编码的由370个氨基酸残基组成的蛋白是铜型亚硝酸盐还原酶,属于一型多铜氧化酶,pI 6.2,是一种稳定蛋白,定位于膜外或周质;由α螺旋、延伸带、随机卷曲和模糊状态组成;有4个2Fe-2S氧化还原蛋白型铁硫结合结构域和一个4Fe-4S氧化还原蛋白型铁硫结合结构域。经Northern杂交分析显示nirK基因在沼泽红假单胞菌2-8中以单拷贝的形式存在并表达。

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来源
《微生物学通报》 |2011年第5期|647-653|共7页
作者
陈燕红; 程萍; 喻国辉; 潘丽晶;
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作者单位

珠海市农业科学研究中心;

广东珠海519075;

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正文语种 chi
中图分类微生物学;
关键词
沼泽红假单胞菌; 亚硝酸盐还原酶; Cu型亚硝酸盐还原酶; 基因克隆; 生物信息学;

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