分离自印度洋深海沉积物的部分链霉菌分离株多位点序列分析

姜钊; 职晓阳; 李文均

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分离自印度洋深海沉积物的部分链霉菌分离株多位点序列分析

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[目的]采用多位点序列分析方法,研究印度洋3 000 m以下深海沉积物中分离得到的16S rRNA基因比对高度相似的链霉菌菌株的种间系统发育关系,同时探讨各管家基因及多基因聚类分析后的种间区分能力.[方法]以分离自印度洋深海沉积物的7株Streptomycesalbidoflavus,11株Streptomyces cavourensis,16株Streptomyces pratensis为研究对象,以16srRNA、atpD、recA和rpoB基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,获得序列.同时从NCBI上下载5株S.pratensis上述4个基因的序列,将所有序列在MLST网站进行比对,并构建系统进化树进行比较.[结果]S.pratensis各菌株种内比较发现,16S rRNA基因构建的系统进化树中相同基因型的菌株没有聚在一起,系统进化树不稳定,区分度不高.其余3个构建的系统进化树稳定,菌株的聚类关系与MLST数据库得到的基因型一致.同时,多基因聚类分析后将菌株分为6个类群.在3个种的种间多位点序列比较中,除区分度明显增加、进化树更加稳定以外,还发现recA基因进化上比较特殊的菌株.[结论]多位点序列分析将实验菌株分为很多不同的类型,成功地将所分离的链霉菌进行了更细的分类,同时也找到部分菌株在个别基因上差异较大.此方法可以用于相近种的快速鉴定.

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来源
《微生物学通报》 |2016年第5期|927-934|共8页
作者
姜钊; 职晓阳; 李文均;
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作者单位

云南大学云南省微生物研究所云南昆明 650091;

云南大学云南省微生物研究所云南昆明 650091;

云南大学云南省微生物研究所云南昆明 650091;

中山大学生命科学学院广东广州 510275;

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正文语种 chi
中图分类
关键词
链霉菌; 管家基因; 多位点序列分析;

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