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深部热水硫酸盐还原菌微滴数字PCR检测技术的建立与应用

         
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摘要

[背景]地下深部存在一个生物圈,深部沉积岩、玄武岩、花岗岩和变质岩等岩性环境的微生物群落已被调查,而地下深部碳酸盐岩岩溶-裂隙热储层微生物群落特征仍然不清.硫酸盐还原菌(sulfate-reducing bacteria,SRB)是地下深部频繁检出的微生物.[目的]建立快速准确定量深部热水硫酸盐还原菌的微滴数字PCR (droplet digital PCR,ddPCR)技术.[方法]以SRB的功能基因dsrB为检测目标,优化SRB ddPCR技术的退火温度,考察其线性范围、敏感性、重复性和特异性,并将该技术用于实际样品的检测. [结果]SRB ddPCR技术的最佳退火温度为54℃,检测的线性范围为1.1×100-1.1×105 copies/μL-DNA,相关系数R2为0.996,检出限为1 copy/μL-DNA,重复性的相对标准差优于9％,对3种非SRB人工构建的质粒均没有扩增,显示该技术具有很好的线性关系、敏感性、重复性和特异性.利用该技术对冀中地热区深部热水、浅层水和土壤样品进行了检测,平均含量分别为(4.0±8.4)× 103 copies/mL、(1.6±3.5)× 102 copies/mL和(1.5±1.2)× 103 copies/g-dw.与浅层水和土壤相比,深部热水富含SRB菌.[结论]为了提高地下深部生物圈认识和合理开发利用深部热水,建立了一种快速、灵敏、准确的SRB ddPCR检测技术,同时为其他指示菌检测技术的建立提供了参考.

著录项

  • 来源
    《微生物学通报》 |2020年第11期|3756-3767|共12页
  • 作者

    赵佳怡; 甄世军; 张翠云; 殷密英; 张胜; 何泽; 宁卓;

  • 作者单位

    中国地质科学院水文地质环境地质研究所 河北石家庄050061;

    中国地质科学院研究生院 北京100037;

    中国地质调查局/河北省地下水污染机理与修复重点实验室 河北石家庄050061;

    中国地质科学院水文地质环境地质研究所 河北石家庄050061;

    中国地质调查局/河北省地下水污染机理与修复重点实验室 河北石家庄050061;

    中国地质科学院水文地质环境地质研究所 河北石家庄050061;

    中国地质调查局/河北省地下水污染机理与修复重点实验室 河北石家庄050061;

    中国地质科学院水文地质环境地质研究所 河北石家庄050061;

    中国地质调查局/河北省地下水污染机理与修复重点实验室 河北石家庄050061;

    中国地质科学院水文地质环境地质研究所 河北石家庄050061;

    中国地质调查局/河北省地下水污染机理与修复重点实验室 河北石家庄050061;

    中国地质科学院水文地质环境地质研究所 河北石家庄050061;

    中国地质调查局/河北省地下水污染机理与修复重点实验室 河北石家庄050061;

    中国地质科学院水文地质环境地质研究所 河北石家庄050061;

    中国地质调查局/河北省地下水污染机理与修复重点实验室 河北石家庄050061;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类
  • 关键词

    硫酸盐还原菌; ddPCR; dsrB; 深部热水;

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