尼瓦拉野生稻FKBP基因家族的鉴定及功能分析

李玉峰; 黄训文; 卢凤梅; 黄彦森; 孔宇

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尼瓦拉野生稻FKBP基因家族的鉴定及功能分析

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用HMMER软件,根据FKBP蛋白特征保守结构域初步鉴定了FKBP家族蛋白,再对初步鉴定的FKBP家族蛋白序列进行Pfam数据库保守结构域搜索,进一步甄别确定.据此得到尼瓦拉野生稻FKBP基因25个,转录本40个;亚洲栽培稻FKBP基因26个,转录本33个.根据尼瓦拉野生稻和亚洲栽培稻FKBP蛋白的系统进化关系和相关注释信息对尼瓦拉野生稻FKBP基因家族成员进行了命名,并用在线软件对比分析了尼瓦拉野生稻和亚洲栽培稻FKBP家族蛋白理化性质、转录本结构和蛋白保守基序,初步讨论了尼瓦拉野生稻与对应的亚洲栽培稻FKBP家族成员间的异同点,并结合NCBI的SRA数据库中相关RNA测序数据分析FKBP基因在不同生长时期和不同器官内的表达情况,为相关研究提供有益参考.

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来源
《现代化农业》 |2021年第10期|29-33|共5页
作者
李玉峰; 黄训文; 卢凤梅; 黄彦森; 孔宇;
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作者单位

百色学院农业与食品工程学院广西百色 533000;

百色学院农业与食品工程学院广西百色 533000;

百色学院农业与食品工程学院广西百色 533000;

百色学院农业与食品工程学院广西百色 533000;

百色学院农业与食品工程学院广西百色 533000;

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正文语种 chi
中图分类
关键词
尼瓦拉野生稻; FKBP; 基因家族; 转录本结构; 蛋白保守基序;

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