从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题

李强; 左光宏; 郝柏林

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从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题

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我们课题组近10 年所发展的组分矢量（CVTree）方法, 已经成为从完全基因组出发而不使用序列联配来构建细菌亲缘关系的有效手段. 在整个生物分类学日益后继乏人的背景下, 组分矢量（CVTree）方法伴随着基因组时代的发展, 成为人人可以方便使用的微生物分类的定义性工具. 本综述不讨论CVTree 的生物学结果, 而着重从非线性科学的角度, 介绍我们在研究过程中所提出和解决的数学问题. 这将涉及组合学、图论、形式语言学等离散数学的篇章. 我们特别希望, 本文所列举的一些尚未解决的数学问题能引发新的研究工作,使CVTree 方法的理论基础更为坚实.

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来源
《中国科学》 |2014年第12期|P.1301-1310|共10页
作者
李强; 左光宏; 郝柏林;
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作者单位

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正文语种 CHI
中图分类基因工程（遗传工程）;
关键词
无序列比对; 全基因组亲缘关系; 原核生物; 组合学; 欧拉圈; 可因式化语言;

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