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胃癌预后相关铁死亡基因筛选及预后预测模型构建

         
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目的 运用生物信息学方法筛选与胃癌预后相关铁死亡基因,构建铁死亡基因相关胃癌预后预测模型.方法 ①与胃癌预后相关的铁死亡基因筛选:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取胃癌基因微阵列图谱及相关患者的临床资料.采用R软件筛选癌组织、癌旁组织中差异表达的铁死亡基因以及与总体生存率有关的预后基因.对其取交集得到与胃癌预后相关的铁死亡基因.采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)软件(https//www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp)分析胃癌预后相关铁死亡基因高表达时的富集通路.②胃癌预后预测模型构建与验证:运用Lasso Cox回归分析法构建基因相关的胃癌预后预测模型并进行验证.结果 与癌旁组织比较,胃癌组织中29个铁死亡基因表达升高、12个铁死亡基因表达降低.与胃癌预后相关的铁死亡基因为NFE2L2、SLC1A5.NFE2L2主要参与化学刺激检测、膜电位调节等生物学功能,SLC1A5主要参与金属离子传输、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶活性调节等生物学功能.胃癌预后预测模型=e(-0.315×NFE2L2)+(-0.161×SLC1A5).该模型预测胃癌患者预后的第1、2、3年ROC曲线下面积分别为0.561、0.587、0.615.预后评分对高、低风险组患者预后的区分程度较好;独立预后分析提示该模型预后评分是胃癌的独立预后因素.结论 胃癌组织中与预后相关的铁死亡基因为NFE2L2、SLC1A5.得到胃癌预后预测模型=e(-0.315×NFE2L2)+(-0.161×SLC1A5),根据模型测算得到的预后评分对胃癌患者预后的预测价值较高.

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