蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟

林云; 张少龙; 张庆刚; 张怿慈

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使用ff12SB力场和广义玻恩(GB-Neck2)隐性水模型在GTX670 GPU上对4个蛋白质CLN025 (2ZEI)、MHA6(2I9M)、Trp-Cage (1L2Y)、Villin (3TRW)的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟,2ZEI的折叠时间和均方根偏差为5.94 μs和0.897 (A),2I9M的折叠时间和均方根偏差为0.191 μs和1.142 (A),Villin的折叠时间和均方根偏差为4.23 μs和1.37 (A),Trp-Cage的折叠时间和均方根偏差为2.48 μs和0.63 (A).结果表明,蛋白质折叠模拟已经能够通过GPU计算在桌面计算机上实现.

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来源
《山东科学》 |2015年第3期|96-103|共8页
作者
林云; 张少龙; 张庆刚; 张怿慈;
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作者单位

山东师范大学物理与电子科学学院,山东济南250014;

山东师范大学物理与电子科学学院,山东济南250014;

山东师范大学物理与电子科学学院,山东济南250014;

山东师范大学物理与电子科学学院,山东济南250014;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类化学键的量子力学理论;
关键词
蛋白质折叠; 分子动力学; GPU计算; GB-Neck2; ff12SB力场;

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