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【2h】

Multiconfigurational Coarse-Grained Molecular Dynamics

机译：多构型粗粒分子动力学

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摘要

Standard low resolution coarse-grained modeling techniques have difficulty capturing multiple configurations of protein systems. Here, we present a method for creating accurate coarse-grained (CG) models with multiple configurations using a linear combination of functions or “states”. Individual CG models are created to capture the individual states, and the approximate coupling between the two states is determined from an all-atom potential of mean force. We show that the resulting multiconfiguration coarse-graining (MCCG) method accurately captures the transition state as well as the free energy between the two states. We have tested this method on the folding of dodecaalanine, as well as the amphipathic helix of endophilin.
机译：标准的低分辨率粗粒度建模技术很难捕获蛋白质系统的多种配置。在这里，我们介绍一种使用函数或“状态”的线性组合创建具有多个配置的精确粗粒度（CG）模型的方法。创建单独的CG模型以捕获单独的状态，并根据平均力的全原子势确定两个状态之间的近似耦合。我们表明，所得的多配置粗粒度（MCCG）方法可准确捕获过渡状态以及两个状态之间的自由能。我们已经在十二烷丙氨酸的折叠以及内啡肽的两亲性螺旋上测试了该方法。

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