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【2h】

Constructing perfect phylogenies and proper triangulations for three-state characters

机译：为三态字符构建完美的系统发育和正确的三角剖分

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摘要

In this paper, we study the problem of constructing perfect phylogenies for three-state characters. Our work builds on two recent results. The first result states that for three-state characters, the local condition of examining all subsets of three characters is sufficient to determine the global property of admitting a perfect phylogeny. The second result applies tools from minimal triangulation theory to the partition intersection graph to determine if a perfect phylogeny exists. Despite the wealth of combinatorial tools and algorithms stemming from the chordal graph and minimal triangulation literature, it is unclear how to use such approaches to efficiently construct a perfect phylogeny for three-state characters when the data admits one. We utilize structural properties of both the partition intersection graph and the original data in order to achieve a competitive time bound.
机译：在本文中，我们研究了为三态字符构建完美的系统发育问题。我们的工作基于最近的两个结果。第一个结果表明，对于三态字符，检查三个字符的所有子集的局部条件足以确定接纳完美系统发育的全局特性。第二个结果将最小三角剖分理论的工具应用于分区相交图，以确定是否存在理想的系统发育。尽管弦图和最少的三角剖分文献提供了丰富的组合工具和算法，但尚不清楚如何在数据允许的情况下如何使用此类方法为三态字符有效地构建理想的系统发育。我们利用分区相交图和原始数据的结构特性来获得有竞争力的时限。

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