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PBAT: A comprehensive software package for genome-wide association analysis of complex family-based studies

机译：PBAT：全面的软件包用于基于家族的复杂研究的全基因组关联分析

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The PBAT software package (v2.5) provides a unique set of tools for complex family-based association analysis at a genome-wide level. PBAT can handle nuclear families with missing parental genotypes, extended pedigrees with missing genotypic information, analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs), haplotype analysis, quantitative traits, multivariate/longitudinal data and time to onset phenotypes. The data analysis can be adjusted for covariates and gene/environment interactions. Haplotype-based features include sliding windows and the reconstruction of the haplotypes of the probands. PBAT's screening tools allow the user successfully to handle the multiple comparisons problem at a genome-wide level, even for 100,000 SNPs and more. Moreover, PBAT is computationally fast. A genome scan of 300,000 SNPs in 2,000 trios takes 4 central processing unit (CPU)-days. PBAT is available for Linux, Sun Solaris and Windows XP.
机译：PBAT软件包（v2.5）提供了一套独特的工具，可用于在全基因组范围内进行复杂的基于家族的关联分析。 PBAT可以处理父母基因型缺失的核心家庭，基因型信息缺失的扩展血统，单核苷酸多态性（SNP）分析，单倍型分析，定量性状，多变量/纵向数据以及发病表型的时间。可以针对协变量和基因/环境相互作用调整数据分析。基于单倍型的特征包括滑动窗口和先证者单倍型的重建。 PBAT的筛选工具使用户可以成功地在全基因组水平上处理多重比较问题，即使是100,000个SNP或更多。此外，PBAT计算速度快。在2,000个Trios中对300,000个SNP进行基因组扫描需要4个中央处理单元（CPU）天。 PBAT适用于Linux，Sun Solaris和Windows XP。

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