• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 美国卫生研究院文献>Genome Research >Argus—A New Database System for Web-Based Analysis of Multiple Microarray Data Sets
【2h】

Argus—A New Database System for Web-Based Analysis of Multiple Microarray Data Sets

机译：Argus-一种用于基于Web的多个微阵列数据集分析的新数据库系统

代理获取
本网站仅为用户提供外文OA文献查询和代理获取服务，本网站没有原文。下单后我们将采用程序或人工为您竭诚获取高质量的原文，但由于OA文献来源多样且变更频繁，仍可能出现获取不到、文献不完整或与标题不符等情况，如果获取不到我们将提供退款服务。请知悉。
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

The ongoing revolution in microarray technology allows biologists studying gene expression to routinely collect >105 data points in a given experiment. Widely accessible and versatile database software is required to process this large amount of raw data into a format that facilitates the development of new biological insights. Here, we present a novel microarray database software system, named Argus, designed to process, analyze, manage, and publish microarray data. Argus imports the intensities and images of externally quantified microarray spots, performs normalization, and calculates ratios of gene expression between conditions. The database can be queried locally or over the Web, providing a convenient format for Web-publishing entire microarray data sets. Searches for regulated genes can be conducted across multiple experiments, and the integrated results incorporate images of the actual hybridization spots for artifact screening. Query results are presented in a clone- or gene-oriented fashion to rapidly identify highly regulated genes, and scatterplots of expression ratios allow an individual ratio to be interpreted in the context of all data points in the experiment. Algorithms were developed to optimize response times for queries of regulated genes. Supporting databases are updated easily to maintain current gene identity information, and hyperlinks to the Web provide access to descriptions of gene function. Query results also can be exported for higher-order analyses of expression patterns. This combination of features currently is not available in similar software. Argus is available at .
机译：微阵列技术的不断革新使生物学家研究基因表达可以在给定的实验中常规收集> 10 5 数据点。需要广泛访问和通用的数据库软件，以将大量原始数据处理为便于开发新的生物学见解的格式。在这里，我们介绍了一个名为 Argus 的新型微阵列数据库软件系统，该系统旨在处理，分析，管理和发布微阵列数据。 Argus 导入外部量化的微阵列斑点的强度和图像，进行归一化，并计算条件之间基因表达的比率。该数据库可以在本地或通过Web查询，为Web发布整个微阵列数据集提供了一种方便的格式。可以在多个实验中进行受调控基因的搜索，综合结果包括实际杂交点的图像以进行伪影筛选。查询结果以克隆或面向基因的方式呈现，以快速识别高度调控的基因，而表达比例的散点图可在实验中所有数据点的背景下解释单个比例。开发了用于优化查询受调控基因的响应时间的算法。支持数据库很容易更新，以保持当前的基因身份信息，并且到Web的超链接提供对基因功能描述的访问。查询结果也可以导出，用于表达模式的高阶分析。目前，功能的这种组合在类似软件中不可用。 Argus 可在上找到。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
代理获取

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号