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Using Dominance Relationship Coefficients Based on Linkage Disequilibrium and Linkage With a General Complex Pedigree to Increase Mapping Resolution

机译：使用基于链接不平衡和与一般复杂谱系的链接的优势关系系数来提高映射分辨率

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摘要

Dominance (intralocus allelic interactions) plays often an important role in quantitative trait variation. However, few studies about dominance in QTL mapping have been reported in outbred animal or human populations. This is because common dominance effects can be predicted mainly for many full sibs, which do not often occur in outbred or natural populations with a general pedigree. Moreover, incomplete genotypes for such a pedigree make it infeasible to estimate dominance relationship coefficients between individuals. In this study, identity-by-descent (IBD) coefficients are estimated on the basis of populationwide linkage disequilibrium (LD), which makes it possible to track dominance relationships between unrelated founders. Therefore, it is possible to use dominance effects in QTL mapping without full sibs. Incomplete genotypes with a complex pedigree and many markers can be efficiently dealt with by a Markov chain Monte Carlo method for estimating IBD and dominance relationship matrices (). It is shown by simulation that the use of increases the likelihood ratio at the true QTL position and the mapping accuracy and power with complete dominance, overdominance, and recessive inheritance modes when using 200 genotyped and phenotyped individuals.
机译：优势（基因座内等位基因相互作用）通常在数量性状变异中起重要作用。但是，在近交动物或人类群体中，关于QTL定位优势的研究很少。这是因为主要可以预测许多同胞的共同优势作用，而这些同胞通常不会出现在具有一般血统的近交或自然种群中。此外，这种谱系的不完整基因型使得估算个体之间的优势关系系数变得不可行。在这项研究中，后裔身份（IBD）系数是根据人群连锁不平衡（LD）估算的，这使得追踪无关创始人之间的主导关系成为可能。因此，可以在QTL映射中使用优势效应而没有完整的同胞。马尔可夫链蒙特卡罗方法可以有效地处理谱系复杂，标记众多的不完全基因型，从而估算IBD和优势关系矩阵（）。通过仿真显示，当使用200个基因型和表型个体时，使用会增加真实QTL位置处的似然比以及完整的优势，主导地位和隐性继承模式下的映射准确性和功能。

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