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Phylogenetic simulation of promoter evolution: estimation and modeling of binding site turnover events and assessment of their impact on alignment tools

机译：启动子进化的系统进化模拟：结合位点周转事件的估计和建模及其对比对工具的影响评估

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BackgroundThe phenomenon of functional site turnover has important implications for the study of regulatory region evolution, such as for promoter sequence alignments and transcription factor binding site (TFBS) identification. At present, it remains difficult to estimate TFBS turnover rates on real genomic sequences, as reliable mappings of functional sites across related species are often not available. As an alternative, we introduce a flexible new simulation system, Phylogenetic Simulation of Promoter Evolution (PSPE), designed to study functional site turnovers in regulatory sequences.

机译：背景功能位点转换现象对调节区进化的研究具有重要意义，例如对于启动子序列比对和转录因子结合位点（TFBS）鉴定。目前，由于通常无法获得跨相关物种的功能位点的可靠图谱，因此仍然难以估计真实基因组序列上的TFBS转化率。作为替代方案，我们引入了一种灵活的新仿真系统，即启动子进化的系统发育仿真（PSPE），旨在研究调节序列中的功能位点转换。

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期刊名称 Genome Biology
作者
Weichun Huang; Joseph R Nevins; Uwe Ohler;
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作者单位

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年(卷),期 2007(8),10
年度 2007
页码 R225
总页数 26
原文格式 PDF
正文语种
中图分类生物学;
关键词

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