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【2h】

Linkage disequilibrium levels and allele frequency distribution inBlanco Orejinegro and Romosinuano Creole cattle using medium density SNP chipdata

机译：连锁不平衡水平和等位基因频率分布Blanco Orejinegro和Romosinuano Creole牛使用中密度SNP芯片数据

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The linkage disequilibrium (LD) between molecular markers affects the accuracy of genome-wide association studies and genomic selection application. High-density genotyping platforms allow identifying the genotype of thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs) distributed throughout the animal genomes, which increases the resolution of LD evaluations. This study evaluated the distribution of minor allele frequencies (MAF) and the level of LD in the Colombian Creole cattle breeds Blanco Orejinegro (BON) and Romosinuano (ROMO) using a medium density SNP panel (BovineSNP50K_v2). The LD decay in these breeds was lower than those reported for other taurine breeds, achieving optimal LD values (r2 ≥ 0.3) up to a distance of 70 kb in BON and 100 kb in ROMO, which is possibly associated with the conservation status of these cattle populations and their effective population size. The average MAF for both breeds was 0.27 ± 0.14 with a higher SNP proportion having high MAF values (≥ 0.3). The LD levels and distribution of allele frequencies found in this study suggest that it is possible to have adequate coverage throughout the genome of these breeds using the BovineSNP50K_v2, capturing the effect of most QTL related with productive traits, and ensuring an adequate prediction capacity in genomicanalysis.
机译：分子标记之间的连锁不平衡（LD）影响全基因组关联研究和基因组选择应用的准确性。高密度基因分型平台可以识别分布在整个动物基因组中的数千个单核苷酸多态性（SNP）的基因型，从而提高了LD评估的分辨率。这项研究使用中等密度的SNP面板（BovineSNP50K_v2）评估了哥伦比亚克里奥尔牛品种Blanco Orejinegro（BON）和Romosinuano（ROMO）中的次要等位基因频率（MAF）和LD水平。这些品种的LD衰减低于其他牛磺酸品种的LD衰减，达到最佳LD值（r 2 ≥0.3），直到BON的距离为70 kb，ROMO的距离为100 kb，这是可能与这些牛群的保护状况及其有效种群数量有关。两个品种的平均MAF为0.27±0.14，具有较高的SNP比例和较高的MAF值（≥0.3）。这项研究中发现的LD水平和等位基因频率的分布表明，使用BovineSNP50K_v2可以在这些品种的整个基因组中充分覆盖，捕获与生产性状相关的大多数QTL的影响，并确保在基因组中具有足够的预测能力分析。

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