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【2h】

The pipeline system for Octave and Matlab (PSOM): a lightweight scripting framework and execution engine for scientific workflows

机译：用于Octave和Matlab的管道系统（PSOM）：用于科学工作流的轻量级脚本框架和执行引擎

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The analysis of neuroimaging databases typically involves a large number of inter-connected steps called a pipeline. The pipeline system for Octave and Matlab (PSOM) is a flexible framework for the implementation of pipelines in the form of Octave or Matlab scripts. PSOM does not introduce new language constructs to specify the steps and structure of the workflow. All steps of analysis are instead described by a regular Matlab data structure, documenting their associated command and options, as well as their input, output, and cleaned-up files. The PSOM execution engine provides a number of automated services: (1) it executes jobs in parallel on a local computing facility as long as the dependencies between jobs allow for it and sufficient resources are available; (2) it generates a comprehensive record of the pipeline stages and the history of execution, which is detailed enough to fully reproduce the analysis; (3) if an analysis is started multiple times, it executes only the parts of the pipeline that need to be reprocessed. PSOM is distributed under an open-source MIT license and can be used without restriction for academic or commercial projects. The package has no external dependencies besides Matlab or Octave, is straightforward to install and supports of variety of operating systems (Linux, Windows, Mac). We ran several benchmark experiments on a public database including 200 subjects, using a pipeline for the preprocessing of functional magnetic resonance images (fMRI). The benchmark results showed that PSOM is a powerful solution for the analysis of large databases using local or distributed computing resources.
机译：神经影像数据库的分析通常涉及大量相互连接的步骤，称为管道。用于Octave和Matlab的管道系统（PSOM）是一个灵活的框架，用于以Octave或Matlab脚本的形式实现管道。 PSOM没有引入新的语言构造来指定工作流的步骤和结构。相反，所有分析步骤均由常规的Matlab数据结构描述，记录其关联的命令和选项以及其输入，输出和清理文件。 PSOM执行引擎提供了许多自动化服务：（1）只要作业之间的依赖关系允许它并且有足够的资源可用，它就可以在本地计算设备上并行执行作业。 （2）生成流水线阶段和执行历史的全面记录，其详细程度足以完全再现分析结果； （3）如果分析多次启动，则仅执行管道中需要重新处理的部分。 PSOM是根据MIT开源许可证发行的，可以不受限制地用于学术或商业项目。除了Matlab或Octave之外，该软件包没有任何外部依赖关系，易于安装，并支持各种操作系统（Linux，Windows，Mac）。我们使用一个用于功能磁共振图像（fMRI）预处理的管道，在一个包含200名受试者的公共数据库上进行了一些基准实验。基准测试结果表明，PSOM是使用本地或分布式计算资源分析大型数据库的强大解决方案。

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