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首页> 美国卫生研究院文献>Frontiers in Microbiology >Bioinformatics approaches for viral metagenomics in plants using short RNAs: model case of study and application to a Cicer arietinum population
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Bioinformatics approaches for viral metagenomics in plants using short RNAs: model case of study and application to a Cicer arietinum population

机译：利用短RNA在植物中进行病毒宏基因组学的生物信息学方法：典范的研究案例并应用于Airecerum arietinum种群

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摘要

Over the past years deep sequencing experiments have opened novel doors to reconstruct viral populations in a high-throughput and cost-effective manner. Currently a substantial number of studies have been performed which employ next generation sequencing techniques to either analyze known viruses by means of a reference-guided approach or to discover novel viruses using a de novo-based strategy. Taking advantage of the well-known Cymbidium ringspot virus we have carried out a comparison of different bioinformatics tools to reconstruct the viral genome based on 21–27 nt short (s)RNA sequencing with the aim to identify the most efficient pipeline. The same approach was applied to a population of plants constituting an ancient variety of Cicer arietinum with red seeds. Among the discovered viruses, we describe the presence of a Tobamovirus referring to the Tomato mottle mosaic virus (), which was not yet observed on C. arietinum nor revealed in Europe and a viroid referring to Hop stunt viroid () never reported in chickpea. Notably, a reference sequence guided approach appeared the most efficient in such kind of investigation. Instead, the de novo assembly reached a non-appreciable coverage although the most prominent viral species could still be identified. Advantages and limitations of viral metagenomics analysis using sRNAs are discussed.
机译：在过去的几年中，深度测序实验为以高通量和经济高效的方式重建病毒种群打开了新的大门。当前，已经进行了大量的研究，这些研究采用下一代测序技术来通过参考引导的方法分析已知病毒，或者使用基于从头的策略来发现新型病毒。利用众所周知的大花ym兰环斑病毒，我们对不同的生物信息学工具进行了比较，以基于21–27 nt短（s）RNA测序重建病毒基因组，目的是确定最有效的管道。将相同的方法应用于组成带有红色种子的古老的阿西丁古代品种的植物种群。在发现的病毒中，我们描述了一种烟草花叶病毒的存在，该病毒是指番茄斑驳花叶病毒（），尚未在C. arietinum上观察到，也未在欧洲发现，还有一种类病毒，它是指鹰嘴豆中从未报道过的霍普特技类病毒（）。值得注意的是，参考序列指导方法在这种研究中似乎是最有效的。取而代之的是，尽管仍然可以识别出最突出的病毒物种，但从头大会的覆盖面却不大。讨论了使用sRNA进行病毒宏基因组学分析的优缺点。

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